About

My portfolio

Hello, I'm Hiro!

Logomixでバイオインフォマティクス担当のSenior Scientistとして働いています。以前は大手プロバイオティクス食品企業にて抗がん剤薬理研究や微生物のゲノム解析やデータサイエンスに従事していました。今はゲノム系・オミクス系のバイオインフォやfoundation modelの開発に取り組んでいます。

ちゃんとレポジトリ管理された、後世に残せるバイオインフォ仕事がモットー。

色んなことに興味があります。WordpressやReactでブログを作ってました。ちょっとしたcliツールをPythonやRustで自作したりするのも好きです。ガジェット大好き。キーボード沼にハマってます。

Experience & Skills

Bioinformatics & Research

  • Python
  • R (tidyverse)
  • Snakemake
  • Pytorch
  • Diffusion model
  • Flowmatching model

Tools & Technologies

  • Git & GitHub
  • Gatk
  • scVerse, Seurat
  • Claude Code
  • Codex
  • Cursor

What I'm Interested In

AI Powered Bioinformatics

Claude Codeなどのエージェントツールを活用してバイオインフォマティクス解析を効率化

Generative Biology

TransformerやDiffusion modelを活用した新しいバイオロジーの開拓

3D Modeling

3Dプリンターでラボアイテムの製作

Gadgets

キーボード8点所持　アリエクがお友達

Portrait

Hiroyuki Odake

Coding "Life"

Technologies I Love

Python

Rust

Snakemake

PyTorch

Diffusion Models

scVerse

Nextflow

Seurat

Scanpy

scGPT

DoubletFinder

Harmony

Streamlit

R Shiny

React

TypeScript

Visual Studio Code

Neovim

Jupyter Lab

RStudio

Docker

Singularity

AWS

Google Cloud Platform

Linux

HPC

SLURM

Git

GitHub

GATK4

Mutect2

Strelka2

CNVKit

Samtools

IGV

NCBI SRA

Ensembl

KEGG

PyTorch Lightning

TensorFlow

scikit-learn

Transformers

Flow Matching

ImageJ

High Content Screening

Automation

fastp

MultiQC

STAR

bwa-mem2

pysam

RNA-seq

scRNA-seq

Whole Genome Sequencing

SNV calling

SV calling

CNV calling

Shotgun Metagenome

Meta-transcriptome

Long-read sequencing

Statistical Modeling

Bayesian Inference

Claude Code

Codex

Cursor

Thanks for stopping by! Feel free to explore the blog and reach out if you'd like to connect.