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細胞分化系譜をd3.jsでplotする
細胞分化系譜をd3.jsでplotする 細胞分化の系譜を可視化するために、D3.jsを使ったインタラクティブな可視化ツールをgeminiで作成してみました。 なんでこういう便利なものが世の中にはないのだろうか。 デモ 以下のリンクから、インタラクティブな細胞分化系譜の可視化をご覧いただけます：...
visualizationd3js
Hodaka Oogaki@hodaka
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Markdownの魔法：日本語技術ブログで使える記法完全ガイド
技術ブログを書く上で、Markdownは欠かせないツールです。この記事では、日本語での技術文書作成に役立つMarkdown記法を実際に使いながら紹介していきます。 📝 基本的なテキスト装飾 強調表現 日本語では特に、文章内での強調や斜体の使い分けが重要です。 太字：重要なキーワードやポイント...
japanesetech-blogwriting+1 more
山田拓朗takuya_yamada
Blog Adminblog_admin
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Headings
This post demonstrates that our markdown blog system can render the same rich content as our guides.\ This is the exact same content from "Basic Writing and...
demoformattingshowcase
Demo Authordemo_author
Hodaka Oogaki@hodaka
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Seuratオブジェクトを作成中に遭遇したエラーとその解決方法【Error in validObject: 'counts' must have the same cells as 'data'】
Seuratオブジェクトを作成中に遭遇したエラーとその解決方法【Error in validObject: 'counts' must have the same cells as 'data'】 ❗ 結論 Seuratオブジェクト作成時に以下のようなエラーが出た場合： これは と の 列名（細胞名）が一致していない...
Hodaka Oogaki@hodaka
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pysradbをpythonAPIで使う
先日、NCBIやGEOのデータを効率的に扱う方法として注目されているPythonパッケージ「pysradb」を使い、GSE IDから対応するSRPを取得し、さらに各実験（SRX経由）からSRRを抜き出すという一連のデータ変換を試してみました。 pysradbはこちらのGitHubレポジトリで公開されており、本来はコマン...
Hodaka Oogaki@hodaka
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CellOracleのimport errorを解決する
CellOracleのimport errorを解決する CellOracleとは SingleCell RNA-seqデータを使って、Perturbation後のtranscriptome変化を予測することができる。単一のRNA-seqではなくscRNA-seqというところが特徴的で、遺伝子ノックアウトやPertur...
Hodaka Oogaki@hodaka
components2 min read
Callout Syntax Comprehensive Test
Callout Syntax Comprehensive Test Calloutコンポーネントの挙動を、JSX構文とObsidian構文の両面から検証します。 JSX構文でのCallout デフォルト（note） これはJSX構文で直接書いたCalloutです。正しく表示されるはずです。 カスタムタイトル指定...
obsidiandemo
Hodaka Oogaki@hodaka
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Callout Component デモ
Callout Component デモ Obsidian風の美しいCalloutコンポーネントを実装しました。以下のタイプが利用可能です。 基本的な使い方 Note（デフォルト） デフォルトのCalloutタイプは「note」です。重要な情報を強調表示するのに適しています。 Info...
designdemo
Hodaka Oogaki@hodaka
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non-coding regionのSNPデータを解析する
SNPの意外な活用法 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)の解析と言ったらはGWASの中で疾患との相関を調べたりするのに使われるものだと思っていたが、実はゲノム編集細胞のQCにも非常によく活用することができるということを最近業務の中で知った。...
Hodaka Oogaki@hodaka
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komorebiを一週間使ってみた
一週間使ってみた感想 業務PCでkomorebiを一週間使ってみた。良いところ・悪いところがあらかた見えてきたので、正直にレビューしていこうと思う。ウィンドウマネージャ選びの参考になれば。 良いところ やはり、タイル状にウィンドウを配置できるのがすごく良い。 自分はVSCode +...
Hodaka Oogaki@hodaka
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komorebiでwindowsにタイルウィンドウマネージャを実現する
komorebiとは タイルウインドウマネージャとは ウインドウがたくさんになってくると画面分割したり色々とめんどくさい。最近では昔のBetterSnapToolみたいな挙動がWindowsでも標準搭載されているが、タイル型ウインドウマネージャはウインドウが開くと勝手に画面分割される。ウインドウをドラッグすればウインド...
Hodaka Oogaki@hodaka
draft1 min read
Draft Post Example
Draft Post Example This is an example of a draft post. It demonstrates how the draft system works in our markdown blog. Key Features Development Visibility:...
exampledevelopment
Content Creatorcreator
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architecture6 min read
Technical Deep Dive: Blog Architecture
Technical Deep Dive: Blog Architecture Our markdown-based blog system is built on a robust, scalable architecture that prioritizes developer experience,...
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Tech Leadtech_lead
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Welcome to Our New Markdown Blog System
Welcome to Our New Markdown Blog System We're excited to introduce our new markdown-based blog system! This powerful and flexible platform allows you to...
markdownbloggetting-started
Blog Adminblog_admin
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2024年8月にみつけた情報
見つけた情報 かがくイラスト フリーイラストでプレートとかピペットの画像とかを公開しているサイト。有償の利用は別途許可を必要とするので要注意だ。 タスクバーからアプリを強制停止する機能、まだ有効にしていないのならオンにしよう これマジで知らなかった！すごく便利なので絶対やった方がいい！...
Hodaka Oogaki@hodaka
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2024年7月にみつけた情報
愚痴 先月はなんとも忙しく、インプットすらままならなかった。。今月は少しずつデータ分析にかける時間を（他の仕事にかける時間を減ら して半ば強制的に）増やしているので、インプットができるようになってきた。 週末も大体ルーチン解析の自動化を実装しているので、single cell解析やtransformer...
Hodaka Oogaki@hodaka
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2024年5月に見つけた情報
今月読んだ本 なぜあなたの仕事は終わらないのか 中島聡 ロケットスタート仕事術という、最初の数日にアサインされた仕事のほとんどを一度やってみてからその後に完成までの所要日数を上司に伝えましょう、という仕事術を示した本。恥ずかしながら中島聡さんが何者か、この本を読むまで知らなかった。これをきっかけにツイッターとメルマガを...
Hodaka Oogaki@hodaka
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Gatsby + Cloudflare Pagesでブログを完全移行
引っ越しました これまでexcel2rlang.comとか、snitch0.github.ioとかブログを作って運営していました。この度これらを廃止して、一括してこちらのブログに移行する決断をした。 なぜブログを引っ越したか シンプルに、ブログを書く動機が大きく変わったから。...
gatsbyweb
Hodaka Oogaki@hodaka
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2024年3月に見つけた情報
ツール 海外のyoutubeを日本語音声で再生します 元の音声ボリュームを下げて字幕を取得して読み上げしてるだけなんだけど、使い道がありそう。個人開発のツールなので突然使えなくなる可能性あり。 なぜかURLを張っても動画が見つからなかったが、単語を入力すれば動画の検索はできた。...
Hodaka Oogaki@hodaka
r-example1 min read
PDFの住所をGoogleMapで可視化 - 相模原編
お久しぶりです こちらのブログでは大変ご無沙汰になってしまったのですが、最近はQuartoを使った新ブログの方でのんびりと記事を書いておりました。 https://snitch0.github.io/ 私のサムネがグレてますが、img2imgで"smart hacker"をキーワードにしたらこうなりました(笑...
Hodaka Oogaki@hodaka
hugo1 min read
Hugoのショートコードを作る
完成形 , , , を用意。 出力例（実際のレンダリング結果は省略） 作り方 参考: Nelis Oostens氏の記事 全面的にNelis Oostens氏のコードをThe Unilicenseのもとで利用させていただいています。 Hugoのショートコードではどのテーマを利用しているかに関わらず、がショートコードの定...
Hodaka Oogaki@hodaka
python1 min read
pythonライブラリの使い方が分からなくなることがある
pythonライブラリの使い方が分からなくなることがある pythonライブラリにはド定番のライブラリがいくつもあるが、それらの仕様は結構忘れがち。 たとえばのクラス。引数がファイルオブジェクトなのかそれともパスを文字列で与えるのか、刹那の思考をはさんだ後になどと書き始める。...
subprocess
Hodaka Oogaki@hodaka
blog1 min read
動機
動機 私はexcel2rlang.comというRプログラミング解説ブログを管理しているヒトです。猫の名前をお借りして、スニッチという名前でやっています🐈⬛ メインブログではR関連でまとまった内容を時間をかけて推敲しながら作っていく方針だったのですが、Rとは関係の無い話や、ライトな話題を吐き出しにくいことや、Word...
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Hodaka Oogaki@hodaka
shiny4 min read
python版shiny(Shiny for Python)を試してみる
はじめに python版shiny(Shiny for Python)って? 2022年のrstudio::confにて発表された、R言語を使ったdashboard作成フレームワークであるshinyをpythonに移植したものです。昔からshinyに触ったことのある方なら、驚きましたよねー😲...
Hodaka Oogaki@hodaka
misc9 min read
[R雑記] rlangのtidyeval 使用例とともに徹底解剖する
はじめに 前回はゴリゴリのRプログラマーではない人に向けたtidyeval解説記事を書いてみました。 今回は具体的な例も交えつつ、tidyevalの理解を試みます!🧑🎓 「こんな感じに分類できそうかな?」という感じでパターン別に解説していきます。 前回同様、ほとんどの人はtidyevalの全てを理解するする必要は...
Hodaka Oogaki@hodaka
2 min read
[R雑記] rlangのtidyeval ユーザー目線で使うとこだけ理解する
はじめに tidyevalは「コレ」のせいで難しい R言語をそこそこ勉強してる人なら分かると思うのですが、存在は知っていても理解がめちゃくちゃ難しいのがrlangパッケージのtidyevalです。 本気でtidyevalを学びたければHadleyのAdvanced...
Hodaka Oogaki@hodaka
misc3 min read
VisualStudioCodeでR用のテーマを作る
フォントだけじゃ・・・ダメなんだ・・・! 前回日本語もきれいに映えるフォント探しをしたのですが、色わけが無くて、なーんかのっぺりしているんですよね🤔 https://excel2rlang.com/japanese-programming-font-rstats/...
Hodaka Oogaki@hodaka
misc4 min read
日本語が見やすいプログラミング用フォント集 (NerdFontとFiraCodeもあるよ)
日本語が見やすいプログラミング用フォント集 (NerdFontとFiraCodeもあるよ) コード書く気にならない時はフォントを弄ってモチベを上げよう こんにちは～! いきなりですが、コード書いてますか? 私は今年からもっぱらコーディング作業ばっかりで、ほとんど実験をしなくなりました。...
Hodaka Oogaki@hodaka
r2 min read
WSL Ubuntu上でRStudio Serverのエラー対処法
はじめに これ関連の検索ワードからこちらに飛んでこられた方がいるようなので、以下のエラーについて説明します。 結論から言うとほとんどの場合無視してOK このエラーが原因で困ることは殆ど無いので無視しても平気だと思います。そうは言っても何が原因で、どういった時に問題になるのかを知っておきたいですよね。私も完璧に理解してい...
rstudio
Hodaka Oogaki@hodaka
r5 min read
R 4.2.0の新機能 Base Pipe |> の使い方と%>%との違い
この記事はexcel2rlang.comから移行した記事です。 --- 2022/5/22追記Twitterにて@eitsupiさんに 「Base pipeのプレースホルダーを二回以上使用すると、その数だけパイプ以前の処理を繰り返し評価してしまう」という情報をいただきました!...
pipe
Hodaka Oogaki@hodaka
tidyverse6 min read
dplyr::filter() - データフレームから条件抽出
はじめに この記事ではの関数について解説します！関数は簡単でありながら、応用次第では複雑なフィルターをあてがうことができる、奥が深い関数です。 今回は「困ったときに辞書代わりに引く」いつものスタイルではなく、「関数の原理原則を本質的に理解する」スタイルで読んでもらえればと思います♪ 使い方を確認 基本的な使い方...
Hodaka Oogaki@hodaka
package-intro2 min read
pacmanパッケージでスマートにライブラリ読み込み
はじめに こんにちは! 😊 最近ブログの書き方をいろいろと模索しています。この記事からはスタイルをかなり変えてみたので、もしかしたら表示がこれまでと違うかもしれません。。 でもこれでかなり効率化できたはず・・・! さておき!今回はR言語に欠かせないパッケージ読み込み操作を簡単にする、パッケージについて紹介します！海外...
super-begginer
Hodaka Oogaki@hodaka
package-intro5 min read
paintパッケージでデータフレームを見やすく表示
はじめに ちょっと更新期間が空いてすみません!お久しぶりです! Dr. Stoneがジャンプ本誌で完結したということらしいので、1巻から発売済み最新刊の25巻までを一気読みしていたらこんなことになっちゃいました😅 今回はリハビリがてら軽めの話題で、データフレームをプレビューする方法について話したいと思います!...
Hodaka Oogaki@hodaka
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