細胞分化系譜をd3.jsでplotする

Published Oct 15, 2025
Updated Nov 9, 2025
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細胞分化の系譜を可視化するために、D3.jsを使ったインタラクティブな可視化ツールをgeminiで作成してみました。 なんでこういう便利なものが世の中にはないのだろうか。

##デモ

以下のリンクから、インタラクティブな細胞分化系譜の可視化をご覧いただけます:

細胞分化系譜の可視化を開く

##主な機能

  • 階層構造の表示: ES細胞から各種分化細胞への分化経路を系統樹として表示
  • 日英言語切り替え: ボタンクリックで日本語と英語表示を切り替え可能
  • マーカー遺伝子の表示: 各分化段階で重要なマーカー遺伝子を表示
  • ズーム・パン機能: マウスホイールでズーム、ドラッグで画面移動が可能
  • 色分け表示: 最終分化細胞(緑)と中間前駆細胞(青)を色で区別

##可視化されている細胞種

###内胚葉系

  • 肝細胞(Hepatocyte)
  • β細胞(Beta Cell)
  • 肺胞上皮細胞(Alveolar Cell)
  • 腸上皮細胞(Enterocyte)

###中胚葉系

  • 造血系細胞(T細胞、マクロファージ、好中球、赤血球など)
  • 心筋細胞(Cardiomyocyte)
  • 骨格筋細胞(Skeletal Muscle)
  • ポドサイト(Podocyte)

###外胚葉系

  • ニューロン(Neuron)
  • アストロサイト(Astrocyte)
  • オリゴデンドロサイト(Oligodendrocyte)
  • 視細胞(Photoreceptor)
  • 表皮細胞(Epidermis)

##技術スタック

  • D3.js v7: データの可視化とSVG操作
  • JavaScript: インタラクション処理
  • HTML5/CSS3: レイアウトとスタイリング

##操作方法

  • マウスホイール: ズームイン・ズームアウト
  • ドラッグ: 画面の移動
  • 言語切り替えボタン: 日本語⇔英語の切り替え

ぜひインタラクティブな可視化をお試しください!